Iori Kitahara pindah ke kota pesisir Izu untuk tahun pertamanya di universitas setempat, dan tinggal di atas Grand Blue, toko peralatan selam milik pamannya. Iori memiliki harapan dan impian besar untuk memiliki pengalaman kuliah yang ideal, tetapi ketika ia memasuki toko tersebut, ia terseret ke dalam aktivitas mabuk-mabukan anggota Klub Selam yang sering mengunjungi tempat itu. Dibujuk oleh senior Shinji Tokita dan Ryuujirou Kotobuki, Iori dengan enggan bergabung dengan pesta aneh mereka. Sepupunya, Chisa Kotegawa, kemudian masuk dan memergokinya basah, yang membuat Iori sangat membencinya. Berdasarkan manga komedi populer karya Kenji Inoue dan Kimitake Yoshioka, Grand Blue mengikuti petualangan Iori bersama teman-teman barunya yang eksentrik saat ia berusaha mewujudkan impian kuliah idealnya, sambil juga belajar menyelam.